Nunca jamás deberías dudar entre la palabra permaneciesen y el término permanesiesen cuando te veas en la necesidad de escribir, ya que solamente existe una manera posible para escribir este término como es debido, y es: permaneciesen. El término permanesiesen sencillamente no corresponde a ninguna palabra que se encuentre en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
Con la finalidad de que recuerdes mejor el modo en que deberías escribir permaneciesen, su definición del diccionario:
Las dudas que surgen a la hora de escribir términos que comprenden las letras ‘c’ y ‘z’ se da con más frecuencia en aquellos territorios en donde las dos se pronuncian de igual modo. Esto ocurre sobre todo en los países de Latinoamérica en los que se habla lengua española, aunque también en algunas áreas del sur de España y las Islas Canarias. No vamos a entrar a mostrar teorías con relación al porqué de esta pronunciación, dado que no se trata del propósito de esta web, meramente queremos mencionar que sea como sea, esta manera de pronunciar está aprobada.
De igual modo {hay que apuntar|es preciso decir que la confusión entre las letras ‘c’ y ‘z’ tan solo puede tener lugar en algunas circunstancias, porque la letra ‘z’ únicamente se escribe delante de las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’. Al tiempo que la ‘c’ cuando va delante de las vocales ‘a’, ‘o’ y ‘u’ jamás se debe de pronunciar de forma similar a /s/, sino que debe pronunciarse como /k/, por lo cual no debería de haber ninguna confusión por este motivo. Así podemos rechazar otras opciones, lo cual hace más fácil la redacción si tenemos las reglas asimiladas. En todo caso, como es una equivocación frecuentemente producida por no diferenciar a la hora de pronunciar las letras ‘c’ y ‘z’, quisiéramos recomendarte escuchar la manera de pronunciar las palabras en castellano peninsular estándar, como forma de aprender a diferenciar cuándo es preciso escribir ‘c’ y cuándo la letra ‘z’. Y ciertamente, seguir esta web y asimilar las normas de ortografía que hemos recopilado para ti en el inicio de este sitio. Así ya nunca jamás sentirás dudas sobre si el término que intentas escribir se escribe permaneciesen o se trata de la palabra permanesiesen.